Pemerintah Desa dipimpin oleh seorang Kepala Desa dan dibantu oleh Perangkat Desa. Perangkat Desa sendiri terdiri dari Sekretaris Desa dan Perangkat Desa lainnya. Sedangkan jumlah Perangkat Desa lainnya sesuai dengan Peraturan Pemerintah No 72 tahun 2005 disesuaikan dengan kebutuhan dan kondisi sosial budaya masing-masing desa.
Susunan Pemerintah Desa (Pemdes) Keper
| No. | Nama | Jabatan |
| 1 | Suharto, S.E. | Kepala Desa |
| 2 | Ardi Perdana Sukma | Sekretaris Desa |
| 3 | Nikmatul Maula, S.Kom. | Kaur TU dan Umum |
| 4 | Sutrisno | Kaur Perencanaan |
| 5 | Drs. Zaenal Arifin | Kaur Keuangan |
| 6 | - | Kasi Pemerintahan |
| 7 | Suci Isnaini, S.H. | Kasi Pelayanan |
| 8 | Imam Sugiantoro | Kasi Kesejahteraan |
| 9 | Sukandar | Kepala Dusun |
| 10 | Suyadi | Kepala Dusun |
| 11 | Amirul Vardiansyah | Staf Sekretariat |